Luego fue contratado por el CF Ciudad de Murcia, donde se dio una curiosa situación: Fue cesado tras 17 partidos y a falta de 7 jornadas volvió a hacerse cargo del equipo para conseguir la permanencia. Posteriormente, en 2006, volvió a dirigir al Terrassa FC.
En los siguientes años, dirigió a dos equipos de Segunda División B: el Lorca Deportiva CF y el CF Badalona. En octubre de 2010, fichó por el CE L'Hospitalet, con el club en puestos de descenso. Al terminar la temporada, el equipo catalán acabó sexto, en puestos de Copa de España.
En junio de 2011, rechazó la oferta de renovación del club, para hacerse cargo del CD Leganés para la temporada 2011/12, donde sería destituido en la jornada 13 debido a los malos resultados. En junio de 2012, volvió al CE L'Hospitalet, con el que fue campeón de su grupo y estuvo a las puertas de lograr el ascenso a Segunda A.
El 3 de julio de 2013, fue contratado por la AD Alcorcón para la temporada 2013/14. A pesar de un buen comienzo de campeonato, el equipo madrileño entró en una dinámica negativa y llegó a ocupar puestos de descenso. Finalmente, Álvarez fue destituido tras la 24ª jornada, dejando al conjunto alfarero en 17º lugar con 28 puntos. El 18 de febrero de 2015, firmó como nuevo técnico de la UE Sant Andreu, pero el técnico jienense no pudo evitar el descenso del cuadro cuatribarrado a Tercera División.
El 12 de junio de 2015, fue contratado por el CE Sabadell FC. Llevó al equipo arlequinado al 7º puesto de su grupo en la Segunda División "B", pero no continuó en el cargo. El 2 de marzo de 2017, con casi 59 años, se convirtió en entrenador del Marbella del Grupo IV de Segunda B, para sustituir al técnico tunecino Mehdi Nafti. Sin embargo, fue cesado tras solamente 2 meses en el cargo. El 4 de octubre de 2017, se incorporó al Villarreal Club de Fútbol "B.
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